Title:

Application ofsingle-cell and spatial transcriptomics to evaluate the effects of the IDH1 R132H mutation on the immune microenvironment of experimental gliomas : PhD thesis

Creator:

Jacek, Karol

Contributor:

Kamińska-Kaczmarek, Bożena (1961– ) : Promotor

Publisher:

Nencki Institute of Experimental Biology PAS

Place of publishing:

Warsaw

Date issued/created:

2025

Description:

93 strony : ilustracje ; 30 cm ; Bibliografia ; Streszczenie w języku polskim

Degree name:

Doktor nauk biologicznych

Degree discipline :

Nauki biologiczne

Degree grantor:

Instytut Biologii Doświadczalnej im. M. Nenckiego PAN ; nadanie stopnia 10.10.2025

Type of object:

Praca dyplomowa

Subject and Keywords:

Glejak ; Immunologia ; scRNA-seq

Abstract:

Mikrośrodowisko guza (tumor microenvironment, TME) odgrywa kluczową rolę w progresji glejaka wielopostaciowego (GBM) i oporności na terapie. Skład komórek odpornościowych w TME i interakcje między różnymi komórkami odpornościowymi w genetycznie zdefiniowanych modelach glejaka nie zostały określone. Wykorzystując sekwencjonowanie RNA na poziomie pojedynczych komórek (scRNA-seq) z panelem przeciwciał (CITE-seq) oraz transkryptomikę przestrzenną Visium (10X Genomics), przeprowadziłem kompleksową analizę komórek odpornościowych w mikrośrodowisku glejaka GL261, skupiając się na charakterystyce komórek mieloidalnych, limfocytów T oraz komórek NK, w celu stworzenia najbardziej dokładnego dotychczas opisu TME w najbardziej popularnym modelu glejaka o wysokiej złośliwości (high grade glioma, HGG). Bazując na wynikach wcześniejszych badań, udoskonaliłem klasyfikację funkcjonalnych podtypów makrofagów, wyróżniając cztery odrębne stany, jednocześnie rozszerzając charakterystykę fenotypową o dynamikę metaboliczną i przestrzenną. Wykazałem, że większa liczba podtypów proponowana w innych pracach wynika z nadmiernej klasteryzacji i ogranicza przydatność translacyjną. W obrębie komórek limfoidalnych zidentyfikowałem główne populacje limfocytów T, określając ich rozkład i proporcje, co potwierdziło umiarkowaną immunogenność komórek glejaka GL261. Komórki NK wykazywały fenotyp związany z glejakiem, charakteryzujący się obniżoną cytotoksycznością i zwiększoną ekspresją czynników promujących rozwój guza. Analiza interakcji ligand-receptor uwydatniła immunosupresyjną rolę makrofagów w supresji limfocytów T. Aby zbadać wpływ często występującej w HGG mutacji IDH1 R132H na mikrośrodowisko, przeprowadziłem analizę danych CITE-seq z komórek CD45+ sortowanych z guzów i z transkryptomiki przestrzennej Visium w modelach złośliwych glejaków u myszy. 2-hydroksyglutaran (2-HG), metabolit produkowany przez komórki z mutacją IDH1, redukował proliferację limfocytów T, aktywność metaboliczną i fosforylację oksydacyjną, jednocześnie upośledzając prezentację antygenów przez komórki mieloidalne oraz rekrutację limfocytów T. Uzyskane wyniki podkreślają złożone interakcje czynnikówprodukowanych przez komórki glejaka z komórkami odpornościowymi w mikrośrodowisku guza, dostarczając nowych informacji o mechanizmach progresji guza, deficytach obrony przeciwnowotworowej i potencjalnych celach terapeutycznych. Wyniki prezentowanych badań poszerzają wiedzę na temat dynamiki odpowiedzi przeciwnowotworowej w TME w glejakach GL261 i glejakach ze zmutowanym IDH1, dostarczając solidnych podstaw do badań translacyjnych i rozwoju nowych terapii.

Resource type:

Tekst

Detailed Resource Type:

Praca doktorska

Source:

IBD PAN, sygn. 20792 ; click here to follow the link

Language:

eng

Language of abstract:

pol

Rights:

Prawa zastrzeżone - dostęp nieograniczony

Terms of use:

Zasób chroniony prawem autorskim. Korzystanie dozwolone w zakresie określonym przez przepisy o dozwolonym użytku.

Copyright holder:

Zgoda na udostępnienie pracy w formie cyfrowej wyrażona oświadczeniem autora

Digitizing institution:

Instytut Biologii Doświadczalnej im. Marcelego Nenckiego Polskiej Akademii Nauk

Original in:

Biblioteka Instytutu Biologii Doświadczalnej im. Marcelego Nenckiego PAN

Access:

Otwarty

×

Citation

Citation style: