Subtitle:

Journal of Biotechnology, Computational Biology and Bionanotechnology

Publisher:

Komitet Biotechnologii PAN ; Instytut Chemii Bioorganicznej PAN

Description:

praca przeglądowa

Abstract:

Development of high-throughput DNA sequencing technologies that omit time consuming and labour intensive cloning steps have opened unprecedented possibilities in life sciences. Massive scale generation of raw sequences requires constant improvement of computational methods of data analysis. New disciplines of genomics, metagenomics and transcriptomics have emerged which revolutionize experimental approach to different fields of biology. Both basic studies, such as species evolution or microbial ecology, and applied sciences of biotechnology and medicine benefit greatly from the new tools available. In this article next-generation DNA sequencing technologies are reviewed. Information on data analysis and applications is also provided.

References:

Sanger F., Nicklen S., Coulson A. R., (1977), Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 74, 5463-5467.
Parra G., Bradnam K., Korf I., (2007), Bioinformatics., 23, 1061-1067.
Huson D. H., Auch A. F., Qi J., Schuster S. C., (2007), Genome Res., 17, 377-386.
Smith L. M., SandersJ. Z., Kaiser R. J., Hughes P., Dodd C., Connell C. R., Heiner C., Kent S. B., Hood L. E., (1986), Nature, 321, 674-679.
Pearson T., Okinaka R. T., Foster]. T., Keim P., (2009), Infect. Genet. Evol., 9, 1010-1019.
Giuliani M. M., Adu-Bobie J., Comanducci M., Aricó B., Savino S., Santini L., Brunelli B., Bambini S., Biolchi A., Capecchi B., et al., (2006), Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 103, 10834-10839.
Sanger F., Air G. M., Barrell B. G., Brown N. L., Coulson A. R., Fiddes C. A., Hutchison C. A., Slocom- be P. M., Smith M., (1977), Nature, 265, 687-695.
Eddy S. R., (2001), Nat. Rev. Genet., 2, 919-929.
Kerstens H. H., Crooijmans R. P., Veenendaal A., Dibbits B. W., Chin-A-Woeng T. F., den Dunnen J. T., Groenen M. A., (2009), BMC Genomics., 10, 479.
Singh B. K., Trends Biotechnol., (Epub ahead of print], PubMed PMID: 20005589.
Ansorge W., Sproat B. S., Stegemann j., Schwager C., (1986), j. Blochem. Biophys. Methods, 13, 315-323.
Idury R. M., Waterman M. S., (1995),]. Comput. Biol., 2, 291-306.
Telford J. L., (2008), Celi Host Microbe. 3, 408-416.
Sobczyński M., Mackiewicz P., Mackiewicz D., Smolarczyk K., Cebrat S., (2005), Biotechnologia, 3, 102 117.
Singh J., Behai A., Singla N.,Joshi A., Birbian N., Singh S., Bali V., Batra N., (2009), Biotechnol.]., 4, 480-494.
Paul D., Pandey G., Pandey J., Jain R. K., (2005), Trends Biotechnol., 23, 135-142.
van Vliet A. H., (2009), FEMS Microbiol. Lett., 302, 1-7.
Hugenholtz P., Tyson G. W., (2008), Nature, 455, 481-483.
Korf I., (2004), BMC Bioinformatics., 5, 59.
Schnoes A. M., Brown S. D., Dodevski I., Babbitt P. C., (2009), PLoS Comput. Biol., 5, el000605.
Flicek P., Birney E., (2009), Nat. Methods., 6(11 Suppl), S6-S12.
Overbeek R., Begley T., Butler R. M., Choudhuri J. V., Chuang H. Y., Cohoon M., de Crecy-Lagard V., Diaz N., Disz T., Edwards R., et al., (2005), Nucleic Acids Res., 33, 5691-5702.
Gorodkin J., Hofacker I. L., Torarinsson E., Yao Z., Havgaard J. H., Ruzzo W. L., (2010), Trends Biotechnol., 28, 9-19.
Meyer F., Paarmann D., D’Souza M., Olson R., Glass E. M., Kubal M., Paczian T., Rodriguez A., Stevens R., Wilke A., et al., (2008), BMC Bioinformatics, 9, 386.
Maxam A. M., Gilbert W., (1977), Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 74, 560-564.
Stratigopoulos G., Bate N., Cundliffe E., (2004), Mol. Microbiol., 54, 1326-1334.
Sutton G. G., White O., Adams M. D., Kerlavage A. R., (1995), Genome Sci. Technol., 1, 9-19.
Eid J., Fehr A., GrayJ., Luong K., Lyle J., Otto G., Peluso P., Rank D., Baybayan P., Bettman B., et al., (2009), Science, 323, 133-138.
Donadio S., Sosio M., Lancini G., (2002), Appl. Microbiol. Biotechnol., 60, 377-380.
Fleischmann R. D., Adams M. D., White O., Clayton R. A., Kirkness E. F., Kerlavage A. R., Bult C. J., Tomb J., Dougherty B. A., Merrick J. M., et al., (1995), Science, 269, 496-512.
Ansorge W. J„ (2009), N. Biotechnol., 25, 195-203.
Crawford G. E., Holt I. E., Whittle J., Webb B. D., Tai D., Davis S., Margulies E. H., Chen Y., Bernat J. A., Ginsburg D., et al., (2006), Genome Res., 16, 123-131.
Giiell M., van Noort V., Yus E., Chen W. H., Leigh-Bell J., Michalodimitrakis K., Yamada T., Arumu- gam M., Doerks T., Kiihner S., et al., (2009), Science, 326, 1268-1271.
Venter J. C., Remington K., Heidelberg J. F., Halpern A. L., Rusch D., Eisen]. A., Wu D., Paulsen 1., Nelson K. E., Nelson W., et al., (2004), Science., 304, 66-74.
Tyson G. W., Chapman J., Hugenholtz P., Allen E. E., Ram R. J., Richardson P.M., Solovyev V. V., Rubin E. M., Rokhsar D. S., Banfield J. F., (2004), 428, 37-43.
Guttman M., Amit I., Garber M., French C., Lin M. F., Feldser D., Huarte M., Zuk 0., Carey B. W., Cas- sady J. P., et al., (2009), Nature, 458, 223-227.
Rentzsch R., Orengo C. A., (2009), Trends Biotechnol., 27, 210-219.
Ansorge W., Sproat B., Stegemann j., Schwager C., Zenke M., (1987), Nucleic Acids Res., 15, 4593-4602.
Udwary D. W., Zeigler L., Asolkar R. N., Singan V., Lapidus A., Fenical W., Jensen P. R., Moore B. S., (2007), Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 104, 10376-10381.
Ikeda H., Ishikawa j., Hanamoto A., Shinose M., Kikuchi H., Shiba T., Sakaki Y., Hattori M., Omura S., (2003), Nat. Biotechnol., 21, 526-531.
Xie C., Tammi M. T., (2009), BMC Bioinformatics., 10, 80.
Bączkowski K., Mackiewicz P., Kowalczuk M., Banaszak]., Cebrat S., (2005), Biotechnologia, 3, 22-44.
Gilchrist D. A., Fargo D. C., Adelman K., (2009), Methods, 48, 398-408.
Kalia V. C., Lal S., Ghai R., Mandal M., Chauhan A., (2003), Trends Biotechnol., 21, 152-156.
van Tassell C. P., Smith T. P., Matukumalli L. K., Taylor J. F., Schnabel R. D., Lawley C. T., Hau- denschild C. D., Moore S. S., Warren W. C., Sonstegard T. S., (2008), Nat. Methods., 5, 247-252.
Venter J. C., Adams M. D., Myers E. W., Li P. W., Mural R. J., Sutton G. G., Smith H. O., Yandell M., Evans C. A., Holt R. A., et al., (2001), Science, 291, 1304-1351.
Cleveland T. E., Yu J., Fedorova N., Bhatnagar D., Payne G. A., Nierman W. C., Bennett J. W., (2009), Trends Biotechnol., 27, 151-157.
McPherson J. D., (2009), Nat. Methods., 6(11 SuppI), S2-5.
Venter J. C., Smith H. O., Hood L., (1996), Nature, 381, 364-366.
Gupta P. K., (2008), Trends Biotechnol., 26, 602-611.
Zhu Y., Pulukkunat D. K., Li Y., (2007), Nucleic Acids Res., 35, 2283-2294.
Williams P. G., (2009), Trends Biotechnol., 27, 45-52.

Relation:

Biotechnologia, vol.91, 4 (2010)-.

Volume:

91

Issue:

4

Start page:

24

End page:

38

Detailed Resource Type:

Artykuł

Format:

application/pdf

Resource Identifier:

oai:rcin.org.pl:69093 ; IChB B-86

Source:

Biblioteka Instytutu Chemii Bioorganicznej PAN

Language:

pol

Language of abstract:

eng

Temporal coverage:

2010

Rights:

Licencja Creative Commons Uznanie autorstwa-Na tych samych warunkach 4.0

Terms of use:

-

Digitizing institution:

Instytut Chemii Bioorganiczneji Polskiej Akademii Nauk

Original in:

Instytut Chemii Bioorganiczneji Polskiej Akademii Nauk

Projects co-financed by:

Program Operacyjny Polska Cyfrowa, lata 2014-2020, Działanie 2.3 : Cyfrowa dostępność i użyteczność sektora publicznego; środki z Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego oraz współfinansowania krajowego z budżetu państwa

Access:

Otwarty