Projekty RCIN i OZwRCIN

Obiekt

Tytuł: Comparative sequencing of genomes: generating of INDEL and SNP genetic markers

Inny tytuł:

Journal of Biotechnology, Computational Biology and Bionanotechnology

Wydawca:

Committee on Biotechnology PAS ; Institute of Bioorganic Chemistry PAS

Opis:

prace przeglądowe

Abstrakt:

Comparison of genome sequences has become an important approach to identify and understand biological significance of the variations and fluxes that occur through a genome. The main subject of the work concentrates on identification of indels and SNPs in large genomes and their potential application in biotechnology. Importantly, fine elaboration of genome structure and sequence polymorphism that results from resequencing promises to benefit breeding, biotechnology and medical research. The article also describes how the data extracted from comparative studies of genomes depends on phylogenetic distances of the species involved.

Bibliografia:

AItschul S. F„ Gish W., Miller W„ et al., (1990), J Mol Biol., 215, 403-410.
Pallen M. J„ Wren B. W„ (2007), Nature., 449, 835-842.
Tettelin H., Riley D., Cattuto C., et al., (2008), Curr Opin Microbiol., 11, 472-477.
Jander G., Norris S. R., Rounsley S. D., et al., (2002), Plant Physiol., 129, 440-450.
Ziółkowski P. A., Koczyk G., Galganski L., et al., (2009), Nucleic Acids Res., 37, 3189-3201.
Nagano A. J., Fukazawa M., Flayashi M., et al., (2008), Plant J., 56, 1058-1065.
AGI, (2000), Nature, 408, 796-815.
Wright S. 1., Agrawal N., Bureau T. E., (2003), Genome Res., 13, 1897-1903.
Copenhaver G. P., Nickel K., Kuromori T., et al., (1999), Science, 286, 2468-2474.
Clark R. M., Schweikert G., Toomajian C., et al., (2007), Science, 317, 338-342.
Guirouilh-Barbat J., Huck S., Bertrand P., et al., (2004), Mol Cell, 14, 611-623.
Zhang Z., Gerstein M., (2003), Nucleic Acids Res., 31, 5338-5348.
Ossowski S., Schneeberger K., Clark R. M., et al., (2008), Genome Res., 18, 2024-2033.
Belo A., Beatty M. K., Hondred D., et al., (2010), Theor Appl Genet., 120, 355-367.
Salathia N., Lee H. N., Sangster T. A., et al., (2007), Plant J., 51, 727-737.
Lijavetzky D., Cabezas J. A., Ibanez A., et al., (2007), BMC Genomics., 8, 424.
Khlestkina E. K., Salina E. A., (2006), Genetika, 42, 725-36.
Vignal A., Milan D., SanCristobal M., et al., (2002), Genet Sel Evol., 34, 275-305.
Bondi C. O., Rodriguez G., Gould G. G., et al., (2008), Neuropsychopharmacology, 33, 320-331.
Ching A., Caldwell K. S., Jung M., et al., (2002), BMC Genet., 3, 19.
Rostoks N., Mudie S., Cardie L., et al., (2005), Mol Genet Genomics, 274, 515-527.
Borevitz j. 0., Liang D., Plouffe D., et al., (2003), Genome Res., 13, 513-523.
Schmid K. j., Sorensen T. R., Stracke R., et al., (2003), Genome Res., 13, 1250-1257.
Somers D. j., Kirkpatrick R., Moniwa M., et al., (2003), Genome, 46, 431-437.
Ganal M. W., Altmann T., Roder M. S., (2009), Curr Opin Plant Biol., 12, 211-217.
Frazer K. A., Ballinger D. G., Cox D. R., et al., (2007), Nature, 449, 851-861.
McCarthy M. I., Abecasis G. R., Cardon L. R., et al., (2008), Nat Rev Genet., 9, 356-369.
Batley j.. Barker G., O’Sullivan H., et al., (2003), Plant Physiol., 132, 84-91.
Kota R., Rudd S., Facius A., et al., (2003), Mol Genet Genomics, 270, 24-33.
Yamamoto N., Tsugane T., Watanabe M., et al., (2005), Gene, 356, 127-134.
Borevitz J. O., Hazen S. P., Michael T. P., et al., (2007), Proc Natl Acad Sci U S A, 104, 12057-12062.
Singer T., Fan Y., Chang H. S., et al., (2006), PLoS Genet., 2, el44.
Kumar R., Qiu J., Joshi T., et al., (2007), PLoS One, 2, e284.
Rostoks N., Borevitz J. O., Hedley P. E., et al., (2005), Genome Biol., 6, R54.
Kirst M., Caldo R., Casati P., et al., (2006), Plant Biotechnol J., 4, 489-498.
Das S., Bhat P. R., Sudhakar C., et al., (2008), BMC Genomics, 9, 107.
Wriglit S. I., Bi I. V., Schroeder S. G., et al., (2005), Science, 308, 1310-1314.
Yamasaki M., Tenaillon M. I., Bi I. V., et al., (2005), Plant Celi, 17, 2859-2872.
Choi I. Y., Hyten D. L., Matukumalli L. K., et al., (2007), Genetics, 176, 685-696.
Nordborg M., Hu T. T., Ishino Y., et al., (2005), PLoS Biol., 3, el96.
Nasu S., Suzuki]., Ohta R., et al., (2002), DNA Res., 9, 163-171.
van Deynze A., Stoffel K., Buell C. R., et al., (2007), BMC Genomics, 8, 465.
Schneider K., Kulosa D., Soerensen T. R., et al., (2007), Theor Appl Genet., 115, 601-615.
Kota R., Varshney R. K., Prasad M., et al., (2008), Funct Integr Genomics, 8, 223-233.
Hillier L. W., Marth G. T., Quinlan A. R., et al., (2008), Nat Methods, 5, 183-188.
Goldberg S. M., Johnson J., Busam D., et al., (2006), Proc NatI Acad Sci USA, 103, 11240-11245.
Novaes E., Drost D. R., Farmerie W. G., et al., (2008), BMC Genomics, 9, 312.
Barbazuk W. B., Emrich S. J., Chen H. D., et al., (2007), Plant J., 51, 910-918.
van Orsouw N. J., Hogers R. C., Janssen A., et al., (2007), PLoS One., 2, el 172.
Chang S. H., Wang K. S., Chao S. J., et al., (2009), J Hazard Mater., 166, 1127-1133.
Ravel C., Praud S., Murigneux A., et al., (2006), Genome. 49, 1131-1139.
Cordeiro G. M., Eliott F., McIntyre C. L., et al., (2006), Theor Appl Genet., 113, 331-343.
TangJ., Vosman B., Voorrips R. E., et al., (2006), BMC Bioinformatics, 7, 438.
Li L., Paulo M. J., Strahwald J., et al., (2008), Theor Appl Genet., 116, 1167-1181.
Simko I., Haynes K. G., Jones R. W., (2006), Genetics., 173, 2237-2245.
Trick M., Long Y., MengJ., et al., (2009), Plant Biotechnol J., 7, 334-346.
Belo A., Zheng P., Luck S., et al., (2008), Mol Genet Genomics, 279, 1-10.
Ye S., Dhillon S., Ke X. Y., et al., (2001), Nucleic Acids Research, 29, art. no.-e88.
Cho R. J., Mindrinos M., Richards D. R., et al., (1999), Nat Genet., 23, 203-207.
Brookes A. J., (1999), Gene, 234, 177-186.
Gutterson N., Zhang J. Z., (2004), Curr Opin Plant Biol., 7, 226-230.
Jones E., Chu W. C., Ayele M., et al., (2009), Molecular Breeding, 24, 165-176.
Troggio M., Malacarne G., Coppola G., et al., (2007), Genetics. 176, 2637-2650.
Bhatrramakki D., Ching A., Dolan M., Tingey S., Rafalski A., (2000), Maize Genet. Coop. Newslett. 74, 54.
Jehan T., Lakhanpalu S., (2006), Indian Journal of Biotechnology, 5, 435-459.

Czasopismo/Seria/cykl:

Biotechnologia, vol.91, 4 (2010)-.

Tom:

91

Zeszyt:

4

Strona pocz.:

53

Strona końc.:

68

Szczegółowy typ zasobu:

Article

Format:

application/pdf

Identyfikator zasobu:

oai:rcin.org.pl:69128 ; 0860-7796

Źródło:

Library of Institute of Bioorganic Chemistry PAS

Język:

pol

Język streszczenia:

eng

Zakres czasowy:

2010

Prawa:

Creative Commons Attribution BY-SA 4.0 license

Zasady wykorzystania:

Copyright-protected material. [CC BY-SA 4.0] May be used within the scope specified in Creative Commons Attribution BY-SA 4.0 license, full text available at:

Digitalizacja:

Institute of Bioorganic Chemistry of the Polish Academy of Science

Lokalizacja oryginału:

Institute of Bioorganic Chemistry of the Polish Academy of Science

Dofinansowane ze środków:

Operational Program Digital Poland, 2014-2020, Measure 2.3: Digital accessibility and usefulness of public sector information; funds from the European Regional Development Fund and national co-financing from the state budget.

Dostęp:

Open

Kolekcje, do których przypisany jest obiekt:

Data ostatniej modyfikacji:

2 paź 2020

Data dodania obiektu:

7 mar 2019

Liczba pobrań / odtworzeń:

2851

Wszystkie dostępne wersje tego obiektu:

https://rcin.org.pl/publication/90385

Wyświetl opis w formacie RDF:

RDF

Wyświetl opis w formacie RDFa:

RDFa

Wyświetl opis w formacie OAI-PMH:

OAI-PMH

×

Cytowanie

Styl cytowania:

Ta strona wykorzystuje pliki 'cookies'. Więcej informacji